Inició su actividad docente en el curso 1989-90. En 1994 pasó a ser profesora asociada y un año más tarde a profesora titular interina. En noviembre de 1996 accedió a una plaza de Profesora Titular, que ocupó hasta diciembre de 2009, cuando ganó el concurso a cátedra en el área de álgebra; desde entonces es catedrática de álgebra en el departamento de álgebra, geometría y topología de la UMA.
Entre 2006 y 2011 fue coordinadora del área de física y matemáticas de la Agencia Andaluza de Evaluación y ha evaluado diversas actividades científicas en España, Estados Unidos, India, Rusia y Sudáfrica, entre otros. En 2011 tuvo lugar la adhesión de España al CIMPA y desde entonces Mercedes Siles ha sido Responsable Científica del mismo, miembro de su Equipo África y formado parte de su equipo directivo.