A lo largo de su carrera ha dirigido numerosos proyectos de investigación para los que ha captado más de dos millones de euros de financiación, tanto nacional como europea. En el período 2006-2011 fue Investigadora Principal en el CIBER del grupo de Enfermedades Neurodegenerativas, perteneciente al Instituto de Salud Carlos III que es el principal Organismo Público de Investigación (OPI), el cual financia, gestiona y ejecuta la investigación biomédica en España.
Con más de 150 artículos publicados en revistas científicas, María Trinidad Herrero es una habitual en congresos y ha realizado más de 10 estancias en el extranjero, algo que le ha ayudado a dominar el Francés, el Inglés y el Italiano.